脑囊虫病的发生是由于脑部被囊虫寄生所导致的，囊虫引发病变的发病机制通常为：

1.囊虫对其周围的脑组织不断进行压迫与破坏;

2.由于一种蛋白所导致的脑组织的变态反应和炎症反应;

3.由于囊虫的存在使得脑脊液的循环通路，导致颅内压增高。

当内存侵入脑部后通常会出现如下的病理变化：

早期：可发现大小不等的灰白色囊尾蚴，其头节约小米大小，囊虫内有透明的液体，其周围脑组织会出现炎症反应，是中性多核粒*和嗜酸性粒*浸润及胶原纤维，距其稍远部位还会出现血管的增生、水肿现象，以及由单个的核*浸润在血管周围。

后期：随着囊虫壁的增厚囊虫会死亡并液化成混浊的液体，其周围出现慢性的炎性改变，随后就会出现纤维结节或者该花的现象。寄生于脑室内的囊虫可导致局部脉络膜炎的发生，而颅底的囊虫则可导致蛛网膜炎

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